自贸港基金管理架构主要包括自贸港基金投资运作联席会议(以下简称联席会议)机制、基金出资公司、基金管理公司和托管银行等。
第五条 建立联席会议机制。省政府常务副省长担任联席会议召集人，分管副秘书长和省财政厅厅长担任副召集人，省发展改革委、省财政厅、省国资委、省地方金融监管局、证监会海南监管局等相关部门和基金出资公司负责人为成员，统筹协调推进基金投资运作。其他省直部门负责人在联席会议研究涉及分管事项时参加会议。联席会议办公室设在省财政厅，由省财政厅分管负责人兼任办公室主任。联席会议主要职责为：
(一)审议自贸港基金年度工作和投资计划;
(二)审议自贸港基金直投项目和项目制专项子基金;
(三)协调解决基金运作过程中遇到的困难和问题;
(四)完成省委、省政府交办的其他事项。
第六条 省财政厅根据国有金融资本管理的有关规定，经省政府授权履行自贸港基金出资人职责。省级行业主管部门负责加强行业政策指导，充分发挥熟悉产业和园区政策、了解项目情况的优势，协助基金建立项目库，积极向基金推介项目。
第七条 基金出资公司主要职责为：
(一)贯彻落实联席会议的决定;
(二)提交联席会议审议基金年度工作和投资计划;
(三)签订自贸港基金委托管理协议;
(四)商基金管理公司制订子基金管理机构遴选标准;
(五)审议基金管理公司提交的经过专家评审的子基金拟合作机构，并报联席会议办公室备案;
(六)对基金管理公司进行考核评价;
(七)联席会议交办的其他工作。
第八条 基金管理公司作为基金出资公司下属的自贸港基金管理运作实体，具体负责管理运作自贸港基金，管理费根据其业绩考核结果调整，每年按照高不超过基金实际到位投资额的1%收取。基金管理公司主要职责为：
(一)受托管理自贸港基金;
(二)根据省委、省政府决策部署，结合产业发展、招商引资等需要，会同基金出资公司等制订基金年度投资计划;
(三)按基金投资方向和投资要求，建立项目储备库;
(四)遴选子基金拟合作机构，开展尽职调查，形成尽职调查报告、子基金设立方案，组织专家评审;
(五)对子基金进行监管和绩效评价;
(六)向子基金派驻出资人代表;
(七)基金出资公司交办的其他工作。
